虽然一整代俄国艺术家都从这里崛起，而且19世纪后半叶许多俄国重要作品都在这里首演，但沙皇政府始终偏爱圣彼得堡的剧院，莫斯科所得的戏剧经费，往往只有圣彼得堡的一半。1853年剧院再度发生大火，只有剧院入口处的8道圆柱幸存下来，重建的工作，由著名意大利作曲家卡沃斯的儿子，建筑师阿尔贝托·卡沃斯完成。1856年新剧院开幕，首演剧目是贝里尼的《清教徒》。

大剧院芭蕾舞团的名望风光，曾一度为基洛夫剧院所掩，但从19世纪后期开始，它仍推出了一系列经典名剧的首演。像彼季帕和明库斯的《唐·吉河德》，还有1877年首演的《天鹅湖》，虽然它因为编配不佳，初演时是一次名声狼藉的惨败。十月革命以后，大剧院不断推出重要的新芭蕾剧目，有《红罂粟》、《灰姑娘》、《基日中尉》、《安娜·卡列尼娜》、《斯巴达克斯》、《伊凡雷帝》等等。但在重要程度上，仍无法与列宁格勒（圣彼得堡）的基洛夫剧院相匹敌。

二战结束之后，剧院从古比雪夫迁回莫斯科，并且吸收了原来基洛夫剧院的两名台柱，著名的乌兰诺娃和拉夫罗夫斯基，这才使莫斯科成为俄国芭蕾的中心。

在前苏联时代，芭蕾人材流失现象非常严重，尤其是基洛夫剧院的明星们，纷纷逃往西方。像1993年死于爱滋病的努里耶夫，他前些年在西方世界红极一时，替芭蕾艺术吸引了一大批新的观众，就是随基洛夫剧团出国访问途中，在巴黎突然接到回国的命令，而索性叛逃的。其他像帕诺夫为移民以色列，费尽千辛万苦，搞得满城风雨，方始成功；还有玛卡罗娃的一去无踪，都是轰动一时的事件。

像这样顶尖舞星成群结队逃亡的事情，西方人在分析时，多半归咎于前苏联艺术政策僵化保守，政治空气压抑禁锢，这有一定道理；但就是经济收入上的差别，也很诱人了。以努里耶夫为例，他双亲都是乌拉尔山区的鞑靼农民，生活贫困，所以豪奢的西方式生活对他来说特别有诱惑力，他23岁只身叛逃，到前些年去世时，已经有能力在意大利购置私人的海岛了，这其间的差别，不言自明。

但是保守归保守，俄国的芭蕾水平，仍然世界独步，无人能及。在比较莫斯科与圣彼得堡两地时，一般公认基洛夫剧院风格矜持典雅，更西方化，而莫斯科大剧院则是热情洋溢、技巧出众，富于俄罗斯民族色彩。

莫斯科大剧院在前苏联时代，因为艺术成绩卓著，多次获得列宁勋章。近年来，剧院的指挥是亚历山大·拉查列夫。